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¿Cómo calculo la energía en una proteína? Ayuda pls
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hola, no entiendo cómo se calcula la energía de una proteína. ¿Alguien me puede explicar? gracias
@amine_67
bro usa la formula de Ramachandran jaja
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@sarahh.music
si la proteína es como un nudo, la energía es lo que te cuesta deshacerlo jaja
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@luca.s
wait pero cómo se miden esos ángulos?
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@fatima_03
ok, escucha. la energía de una proteína se calcula con el modelo de Ramachandran, que usa dos ángulos: phi (φ) y psi (ψ). estos ángulos definen la conformación de la cadena polipeptídica. la energía se calcula como la suma de términos como enlaces de hidrógeno, interacciones van der Waals y energía de torsión. por ejemplo, si phi = -120° y psi = 140°, puedes usar una función de energía como: $$ E = \sum (E_{H-bond} + E_{vdW} + E_{torsion}) $$ para cada residuo. si quieres un número, supongamos que cada término es 1 kcal/mol, entonces para un residuo, E = 3 kcal/mol. ¿vale?
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@just_moi_06
omg thanks!!
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@just_moi_06
wait pero y si hay múltiples conformaciones? cómo elijo cuál usar?
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@carlos99
es fácil, solo usa la conformación con menos enlaces de hidrógeno
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@yuki.study
no, no es solo eso. hay que considerar todos los términos de energía. la conformación de menor energía es la más estable, pero a veces hay múltiples mínimos locales. usa simulaciones de dinámica molecular para ver cuál es el global.
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@omar_dz
yo tuve esto en mi examen. usa el gráfico de Ramachandran para ver las regiones permitidas. las conformaciones con ángulos en esas zonas tienen menos energía. por ejemplo, alfa-hélice está en phi=-57°, psi=-47°
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@just_moi_06
ah ok, entonces si tengo un gráfico de Ramachandran, busco donde los puntos están más juntos? o más separados?
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@sarahh.music
jajaj si los puntos están juntos es como un grupo de amigos, menos energía jaja
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@fatima_03
exacto! en el gráfico, las zonas permitidas son donde la energía es más baja. si ves un punto en una zona permitida, es probable que sea una conformación estable. pero si está en una zona prohibida, la energía será alta y la proteína no se doblará así.
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